U Joniji (današnja egejska obala Turske) grčki gradovi, koji su uključivali velika središta poput Mileta i Halikarnasa, nisu mogli održati svoju nezavisnost i došli su pod vlast Perzijskog Carstva sredinom 6. stoljeća. Grci su 499 p.n.e.. podigli Jonski ustanak, pa su Atena i neki Grci pristigli u njihovu pomoć.

Perzijski Veliki vladar, Darije I., ugušio je 490 p.n.e.. pobunu jonskih gradova, poslavši flotu da kazni Grke. Perzijanci su se iskrcali na Atici, ali ih je grčka vojska pod vodstvom atenskog vojskovođe Miltijada porazila u Maratonskoj bitki. Pogrebni humak atenskih poginulih boraca još uvijek se može vidjeti na Maratonskom polju.

Deset godina kasnije Darijev nasljednik Kserkso I. poslao je kopnom puno veću silu. Spartanski kralj Leonida neuspješno ga je pokušao usporiti kod Termopila. Leonida je poražen, a Kserks je nastavio napredovati prema Atici gdje je osvojio i spalio Atenu. Atenjani su još prije napustili grad sklonivši se na otoku Salamini i pod vodstvom Temistokla su porazili perzijsku mornaricu u bitki kod Salamine. Godinu dana kasnije brojčano nadmoćniji Grci su pod vodstvom Spartanca Pauzanija porazili malobrojnu perzijsko-grčku vojsku kod Plateje.

Atenska se mornarica tada okrenula progoneći Perzijance iz Egejskog mora i 478. p. n. e.. Atenjani su zauzeli Byzantium. Dok su napredovali stvorili su Delski savez u kojem su bile sve otočne i neke kopnene države. Savez je nazvan po svetom otoku Delu na kojem se čuvala zajednička riznica. Spartanci, iako su odigrali važnu ulogu u ratu, povukli su se nakon toga u izolaciju dopuštajući Atenjanima da uspostave pomorsku i trgovačku silu kojoj nije bilo premca među Grcima.